Huyện Châu Thành nằm giữa thành phố Cần Thơ và thành phố Ngã Bảy, đồng thời phía đông là sông Hậu nên thuận lợi về mặt giao thông. Quốc lộ 1A bao bọc phần phía tây nối liền Cần Thơ và thành phố Ngã Bảy qua xã Đông Phước A, còn phía đông là đường Nam Sông Hậu chạy qua địa bàn huyện và dọc theo sông Hậu. Trong khi đó tỉnh lộ 925 chạy từ quốc lộ 1A nối trực tiếp với trung tâm huyện tại thị trấn Ngã Sáu.

Phía đông nam là Kênh Xáng Quản Lộ - Phụng Hiệp, tuyến giao thông thủy từ sông Hậu kéo dài đến Cà Mau.